生物学家在人类肠道中发现近143,000种噬菌体

2022-02-23 / 作者:猫咪资讯 / 来源:网络整理 / 阅读:510 /
内容摘要:
来自韦尔科姆桑格研究所、欧洲生物信息学研究所和洛斯安第斯大学的一组生物学家已经鉴定出142,809种噬菌体。感染细菌并在细菌中复制的病毒& # 8212;生活在人类的肠道中。Camarillo-Guerrero等人介绍了肠道噬菌体数据库,它是142,809个非冗余病毒基因组的集合......

来自韦尔科姆桑格研究所、欧洲生物信息学研究所和洛斯安第斯大学的一组生物学家已经鉴定出142,809种噬菌体。感染细菌并在细菌中复制的病毒& # 8212;生活在人类的肠道中。

Camarillo-Guerrero et al. introduce the Gut Phage Database, a collection of 142,809 non-redundant viral genomes (>10 kb) obtained by mining a dataset of 28,060 globally distributed human gut metagenomes and 2,898 reference genomes of cultured gut bacteria. Image credit: Camarillo-Guerrero et al., doi: 10.1016/j.cell.2021.01.029.

Camarillo-Guerrero等人介绍了肠道噬菌体数据库,它是142,809个非冗余病毒基因组的集合(>;10 kb ),该数据集包含28,060个全球分布的人类肠道宏基因组和2,898个培养肠道细菌的参考基因组。影像学分:Camarillo-Guerrero et al .,doi: 10.1016/j.cell.2021.01.029。

韦尔科姆·桑格研究所的路易斯·卡马里奥-格雷罗博士和他的同事使用一种叫做宏基因组学的脱氧核糖核酸测序方法,探索并记录了在28,060个公共人类肠道宏基因组和2,898个从人类肠道培养的细菌分离基因组中发现的病毒物种的生物多样性。

“重要的是要记住,并不是所有的病毒都是有害的,而是代表了肠道生态系统的一个组成部分,”合著者亚历山大·阿尔梅达博士说,他是欧洲生物信息学研究所和韦尔科姆·桑格研究所的博士后研究员。

“首先,我们发现的大多数病毒都有DNA作为遗传物质,这与大多数人知道的病原体不同,比如新型冠状病毒病毒或寨卡病毒,它们都是RNA病毒。”

“其次,这些样本主要来自没有任何特定疾病的健康个体。”

“看到有多少未知物种生活在我们的肠道中,并试图解开它们与人类健康之间的联系,这很有趣。”

研究人员还发现了一个以前未知的噬菌体分支,名为古巴噬菌体。

这被发现是人类肠道中第二大流行的病毒分支,仅次于2014年发现的crAssphage。

“我们工作的一个重要方面是确保重建的病毒基因组具有最高质量,”卡马里奥-格雷罗博士说。

“严格的质量控制管道与机器学习方法相结合,使我们能够减轻污染并获得高度完整的病毒基因组。”

“高质量的病毒基因组为更好地理解病毒在我们的肠道微生物群中扮演的角色铺平了道路,包括发现新的治疗方法,如来自噬菌体的抗菌剂。”

该团队的结果构成了肠道噬菌体数据库的基础,这是一个高度精选的噬菌体基因组数据库,对于那些研究噬菌体及其在调节我们肠道细菌和我们自身健康方面的作用的人来说,将是一个宝贵的资源。

“噬菌体研究目前正在经历复兴,”韦尔科姆桑格研究所的研究员特雷弗·劳利博士说。

“这份高质量、大规模的人类肠道病毒目录来得正是时候,可以作为未来病毒体研究中指导生态和进化分析的蓝图。”

结果发表在《细胞》杂志上。

_____

路易斯·卡马里奥-格雷罗等人,2021年。人类肠道噬菌体多样性的大规模扩展。细胞184(4):1098-1109;doi: 10.1016/j.cell.2021.01.029


标签:几乎  生物学家  发现  人类  肠道